Chondroitin sulfát (CS) je klasifikován jako člen glykosaminoglykanů (GAG), také známých jako mukopolysacharidy, což jsou vedlejší sacharidové řetězce, které jsou základními složkami proteoglykanů. Všechny glykosaminoglykany sestávají z 1,4-glykosidicky vázaných disacharidových jednotek. V případě chondroitinů kyselina sírová je pravidelně připojen k kyslík or dusík atomy, takže obvykle reagují silně kyselě. Chondroitin sulfáty A a C se skládají z kyseliny glukuronové a N-acetyl-D-galaktosaminu. Chondroitin sulfát B má podobnou strukturu. Je známý jako dermatansulfát nebo beta-heparin z kyseliny L-iduronové a NAG-4-sulfátu.
Na jedné ruce, chondroitin sulfát vstupuje do těla potravou. Nachází se v mase a mořských živočichech, zejména v mušlích a ústřicích. Na druhé straně může být glykosaminoglykan vytvořen v těle samotném. Endogenní syntéza vyžaduje glukosamin sulfát, preferovaný substrát pro biosyntézu glykosaminoglykanu. Chondroitin sulfáty, jako živočišné proteoglykany, jsou z velké části zabudovány do chrupavka tkáně a představují tak hlavní mezibuněčné složky pojivové tkáně, chrupavka a kost. Lze je však také najít v kůže a tělesný hlen.
Technicky se chondroitin sulfáty dříve získávaly ze žraloka chrupavkaa později také z tracheidů skotu a prasat.