Protože melatonin je primárně metabolizován CYP1A enzymy, může interagovat s drogy které jsou také metabolizovány nebo inhibují CYP1A.
Mezi inhibitory CYP1A patří estrogeny ve formě antikoncepční prostředky a hormonální substituční terapie (HER) nebo antidepresivum fluvoxamin. Současné použití melatonin s inhibitory CYP1A vede k nadbytku melatoninu. Nikotin zneužívání zase snižuje melatonin úrovních.
