Mezi typické oblasti gastroenterologické léčby patří:
- Refluxní onemocnění
- Žaludeční vředy
- Jaterní cirhóza
- žloutenka (např. při hepatitidě)
- chronická zánětlivá onemocnění střev (ulcerózní kolitida, Crohnova choroba)
- funkční poruchy trávicího traktu (jako je dráždivý žaludek, dráždivé střevo)
- rakoviny trávicího traktu (jako je rakovina žaludku, rakovina tlustého střeva)
K diagnostice takových onemocnění využívá gastroenterolog různé vyšetřovací metody. Patří mezi ně především ultrazvukové vyšetření dutiny břišní a také endoskopické výkony jako gastroskopie (gastroskopie), kolonoskopie (kolonoskopie) a laparoskopie (laparoskopie). Drobné výkony lze v případě potřeby provést i během endoskopie. Gastroenterolog může například odebrat vzorky tkáně (biopsii), odstranit střevní polypy nebo rozšířit zúžené žlučové cesty.