Vzhledem k tomu, že si laserová technologie našla cestu do stomatologie, používá se termín kořenový kanál sterilizace byl užíván. Zatímco běžná dezinfekce kořenových kanálků jako součást endodontické léčby (synonymum: ošetření kořenových kanálků) vede k účinnému, ale ne nutně úplnému snížení choroboplodné zárodky, aplikace vysokoenergetického laserového záření slibuje téměř 100% sterilitu.
Zubní kaz, který je bakteriálního původu a může zničit tvrdé tkáně zubů hluboko do dentin (zubní kost), vede k onemocnění buničiny. Výsledkem je, že systém kořenových kanálků endodonticky nemocného zubu (zub s nemocnou dřeň) je kolonizován velkým počtem choroboplodné zárodky. Cílem a ošetření kořenových kanálků je proto odstranit nemocnou tkáň dřeně a dezinfikovat stěny celého systému kořenových kanálků, které byly proniknuty choroboplodné zárodky, tak udržitelným způsobem, jak je to možné, s cílem pomoci zubu zůstat v ústa dlouho po úspěšném ošetření kořenových kanálků.
Tradičně se při přípravě kořenových kanálků léčebné usazeniny jako např vápník hydroxid (Ca (OH) 2) a dezinfekční oplach řešení jako sodík chlornan (NaOCl) se používají k odstranění zbytků buničiny, bakterií a bakteriálních toxinů. Hloubka průniku stěn kanálu opláchnutím řešení a vyhlazené kanály (zablokované kanály, které nejsou plně přístupné nástrojům pro přepracování) představují problémy. Vysokoenergetické laserové záření zde slibuje hlubší penetraci a nejvyšší baktericidní účinek prostřednictvím tepelných účinků.
Pokud je zub ošetřený kořenem sterilizován laserovým zářením bezprostředně před vložením konečné výplně kořenových kanálků, lze výplň kořenových kanálků, která má za účel utěsnění systému kořenových kanálků, vložit extrémně sterilně stav. Navzdory vysokému úsilí, které je pro to nutné, představuje použití laseru užitečný doplněk ke klasické léčbě kořenových kanálků.
