Diagnóza a radikální cysta se obvykle provádí pouze na základě anamnézy a klinického vyšetření a rentgenových snímků samotných.
Až do velikosti přibližně 0.5 cm lze radikální cysty odlišit od kořenových granulomů pouze pomocí histologie (vyšetření jemné tkáně).
Potvrzení předběžné diagnózy v případě nejistoty v diagnóze nebo obtížně léčitelné radikální cysty - laboratorní parametry 2. řádu:
- Histologie
- Cystové měchy složené ze tří vrstev
- Vnitřní podšívka ze dvou až třívrstvého, nekeratinizujícího dlaždicového epitelu
- Subepiteliální zóna zánětlivého infiltrátu.
- Kapsle pojivové tkáně bohaté na kolagenová vlákna
- Lumen cysty obvykle jednokomorový
- Cystové měchy složené ze tří vrstev