Následující příznaky a stížnosti mohou naznačovat japonskou encefalitidu:
- mírný chřipka-jako nemoc - ve většině případů.
Meningoencefalitida* (výskyt: 1 z 250 infekcí).
- Kolem každých 250. případů infekce.
- Vysoký horečka, obvykle 10 dní.
- Celkový pocit nemoci
- Cefalgie (bolest hlavy)
- Nevolnost / zvracení
- Porucha vědomí
- Záchvaty
- Reflexní poruchy
- Zmatek
- Změny chování
- Třes (třes)
- Paréza (motorická paralýza)
- Poruchy chůze
- Kóma
* Kombinované zánět mozku (encefalitida) a meningy (zápal mozkových blan) Letalita (úmrtnost v poměru k celkovému počtu lidí trpících onemocněním) při postižení CNS je 30-35%. Děti a starší lidé mají větší pravděpodobnost, že se s touto chorobou nakazí vážněji.