S mateřské mlékomohou být přenášeny patogeny a způsobovat odpovídající onemocnění u dětí s různými projevy průběhu onemocnění. Jedním z nejdůležitějších patogenů v této souvislosti je člověk imunodeficitu virus (HIV).
HI viry a infikované HIV-1 lymfocyty lze zjistit u matky mléko. Infekce dítěte je dále podporována záněty a poraněními bradavek, kterými dochází k vylučování infekčních ran nebo krev může uniknout.
Pokud kojí neléčená HIV pozitivní matka, nakazí se odhadem 10% dětí mateřské mléko v prvním roce života. V zemích s dobrými hygienickými normami (průmyslové země) by tyto matky neměly kojit a děti by měly být krmeny náhradami mléko vzorec.
V zemích se špatnými hygienickými standardy (rozvojové země) je situace odlišná. Zde převažují pozitivní aspekty kojení, takže WHO (svět Zdraví Organizace) doporučuje matkám kojit své děti navzdory infekci HIV. Antiretrovirové terapie by měla být zahájena již 14. týden v roce těhotenství a pokračovala až do konce období kojení. Pokud je to možné, dítě by mělo být výlučně kojeno prvních šest měsíců. Riziko postnatálního přenosu HIV je tímto způsobem nejnižší. Následně je zahájeno zavádění doplňkových potravin a kojení pokračuje nejméně dalších 12 měsíců. Podle studií je míra infekce nejvyšší při částečném kojení. Úplné ukončení kojení je také spojeno s vyšším rizikem infekce u dítěte než výlučné kojení. Může to být způsobeno oligosacharidy přítomnými v mateřské mléko. Dále HIV protilátky byly zjištěny v mlezivu (mlezivo).
