Tam jsou četné infekční choroby které mohou být způsobeny pneumokok. Mezi hlavní patří:
Dýchací systém (J00-J99)
- Pneumonie (zápal plic)
- Rhinosinusitida - zánět nosu a dutiny.
- Zánět dutin (zánět paranazální dutiny).
- Tracheobronchitida - zánět průdušnice a průdušek.
Oči a oční přídavky (H00 - H59).
- Vřed hadí rohovky (vřed rohovky).
Kardiovaskulární systém (I00 - I99)
- Endokarditida (zánět vnitřní stěny srdce).
- Perikarditida (zánět osrdečníku)
Pusajícnu (jícnu), žaludeka střeva (K00-K67; K90-K93).
- Apendicitida ("apendicitida").
- Peritonitida („zánět pobřišnice“)
Uši - mastoidní proces (H60-H95)
- mastoiditida (zánět mastoidního procesu).
- Otitis media (zánět středního ucha)
Psychika - nervový systém (F00-F99; G00-G99)
Genitourinární systém (ledviny, močové cesty - reprodukční orgány) (N00 - N99).
Diferenciálně lze také zvážit další bakteriální a virové infekce:
- Bakteriální patogeny
- Chlamydia
- Haemophilus influenzae
- Moraxella catarrhalis
- Mykoplazma
- Virové patogeny
- Adenoviry
- Lidské koronaviry (OC43, 229E)
- Chřipkové viry
- Paramyxoviry (i. W. RS virus)
- Pikornaviry (zejména rinoviry).